Un arrêt maladie ne signifie pas automatiquement l’absence totale de revenu, mais il entraîne souvent une baisse de la paie. Le salarié peut percevoir des indemnités journalières de l’Assurance maladie, auxquelles s’ajoute parfois un complément employeur. Le montant final dépend notamment du salaire antérieur, de l’ancienneté, de la convention collective et de la nature de l’arrêt. Comprendre ces mécanismes permet d’anticiper son revenu et de contrôler les lignes figurant sur le bulletin de salaire.
Les effets immédiats de l’arrêt maladie sur le salaire
La retenue sur salaire pour les jours non travaillés
L’employeur ne rémunère en principe pas les périodes pendant lesquelles le salarié est absent pour maladie. Une
retenue pour absence apparaît donc sur le bulletin de paie, calculée selon la méthode applicable dans l’entreprise. Elle correspond à la part de salaire liée aux heures ou jours non travaillés.
Cette retenue ne préjuge pas des sommes versées par la Sécurité sociale ou, le cas échéant, par l’employeur. Pour comprendre la présentation de ces éléments, il est utile de savoir
lire les principales rubriques d’une fiche de paie.
Le délai de carence et ses exceptions
En maladie ordinaire, les indemnités journalières de la Sécurité sociale sont généralement versées après
trois jours de carence. Les trois premiers jours d’arrêt ne sont donc habituellement pas indemnisés par l’Assurance maladie, sauf dispositif plus favorable.
La carence ne s’applique pas dans toutes les situations : accident du travail, maladie professionnelle, congé maternité ou nouvelle prolongation d’un arrêt dans certaines conditions. Une convention collective, un accord d’entreprise ou un régime de prévoyance peut aussi prévoir une indemnisation dès le premier jour.
Les indemnités journalières versées par l’Assurance maladie
Les conditions d’ouverture des droits
Pour percevoir des indemnités journalières (IJ), le salarié doit justifier d’une activité professionnelle ou de cotisations suffisantes sur une période de référence. Les conditions varient selon la durée de l’arrêt. L’Assurance maladie examine notamment le nombre d’heures travaillées ou le niveau de cotisations antérieures.
Le salarié doit également transmettre son avis d’arrêt de travail dans les délais prévus, en général sous 48 heures. L’employeur adresse ensuite une attestation de salaire à la caisse, indispensable au calcul des IJ. Un retard ou une attestation incomplète peut décaler le paiement.
Le calcul des indemnités journalières et leur plafond
Les IJ maladie correspondent généralement à
50 % du salaire journalier de base. Celui-ci est calculé à partir des rémunérations brutes des mois précédant l’arrêt, dans la limite d’un plafond légal. Le revenu réellement versé est donc inférieur au salaire habituel, en particulier lorsque la rémunération dépasse ce plafond.
Les IJ sont soumises à la CSG et à la CRDS et, sauf exceptions, imposables. Il faut donc distinguer le salaire brut, le net versé et le net imposable : ce guide sur
les différences entre brut, net et net imposable aide à comprendre cet écart.
Les modalités et dates de versement
La caisse verse habituellement les indemnités tous les quatorze jours environ, après réception des documents nécessaires. Lorsque l’employeur pratique la subrogation, il perçoit directement les IJ et maintient au salarié un versement sur sa paie. Sans subrogation, le salarié reçoit séparément son salaire réduit et les IJ de sa caisse.
Le complément de salaire versé par l’employeur
Les conditions d’ancienneté et les démarches à respecter
Le maintien légal de salaire est notamment conditionné à
une année d’ancienneté, à la transmission de l’arrêt et à une prise en charge par l’Assurance maladie. Des règles spécifiques peuvent toutefois s’appliquer en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle.
L’employeur peut demander une contre-visite médicale dans le respect du cadre légal. En cas d’absence injustifiée lors de cette visite ou de refus de contrôle, le complément employeur peut être suspendu, sans remettre automatiquement en cause les IJ versées par la caisse.
Le niveau et la durée du maintien de salaire légal
Sous réserve des conditions requises, l’employeur complète les IJ afin d’assurer un niveau minimal de rémunération : généralement 90 % de la rémunération brute pendant une première période, puis deux tiers pendant une seconde. La durée augmente avec l’ancienneté.
| Situation | Indemnisation habituelle |
| Maladie ordinaire | IJ après carence, puis éventuel complément employeur |
| Accident du travail ou maladie professionnelle | IJ sans carence de trois jours et règles de maintien spécifiques |
| Convention collective favorable | Complément pouvant réduire ou supprimer la perte de revenu |
Les garanties plus favorables prévues par la convention collective ou la prévoyance
La convention collective peut prévoir un maintien à 100 %, une durée plus longue, une ancienneté réduite ou l’absence de délai de carence. Un contrat de prévoyance collectif peut également compléter les revenus lors d’arrêts prolongés.
La convention collective applicable reste donc le premier document à vérifier, avant de tirer une conclusion à partir de la seule règle légale.
Comprendre le montant réellement perçu pendant l’arrêt
L’exemple de calcul pour un salarié mensualisé
Un salarié absent tout le mois subit d’abord une retenue correspondant aux jours non travaillés. Il perçoit ensuite des IJ calculées sur son salaire antérieur, plafonnées, et éventuellement un complément employeur. Même avec un maintien annoncé à 90 % ou 100 %, le montant net reçu peut différer du salaire habituel en raison des cotisations et du traitement fiscal.
Le résultat dépend aussi des éléments variables : primes liées à la présence, heures supplémentaires ou avantages soumis à conditions peuvent ne pas être maintenus. L’employeur doit appliquer correctement ces règles lors de
l’établissement d’un bulletin de paie conforme.
La fiscalité, les cotisations et le rôle de la subrogation
En cas de subrogation, les IJ apparaissent souvent sur le bulletin, avec une ligne de déduction ou de régularisation. Elles ne constituent pas du salaire au sens strict, mais influencent le net payé par l’entreprise. Les garanties de prévoyance peuvent suivre un traitement social et fiscal différent selon le financement du régime.
Les situations particulières qui modifient l’indemnisation
Accident du travail, maladie professionnelle et arrêt lié à la maternité
L’accident du travail et la maladie professionnelle obéissent à un régime plus protecteur : les IJ sont dues dès le lendemain de l’arrêt, sans carence de trois jours. Les congés maternité, paternité et adoption relèvent également de règles propres, avec des indemnités calculées selon des plafonds spécifiques.
Temps partiel, arrêts prolongés et reprise thérapeutique
Un salarié à temps partiel peut ouvrir des droits s’il remplit les conditions d’activité ou de cotisations. Pour un arrêt long, les règles évoluent selon sa durée et la reconnaissance éventuelle d’une affection de longue durée. La reprise à temps partiel thérapeutique combine rémunération correspondant au temps travaillé et indemnités sous conditions.
Les démarches et erreurs à éviter pour préserver ses droits
Transmettre l’arrêt dans les délais et prévenir l’employeur
Pour limiter les difficultés de paiement, le salarié doit :
- prévenir rapidement son employeur de son absence ;
- envoyer l’avis d’arrêt dans le délai demandé ;
- vérifier que l’attestation de salaire a été transmise à la caisse ;
- conserver les décomptes d’indemnités journalières.
Vérifier ses bulletins de paie, sa convention collective et ses relevés d’indemnités
Comparer le bulletin, les décomptes de la caisse et les garanties conventionnelles aide à repérer une erreur de retenue ou de complément. Les employeurs doivent respecter leurs
obligations en matière de paie, notamment la remise d’un bulletin clair et le paiement des sommes dues. En cas d’écart, le salarié peut demander une explication au service paie avec ses justificatifs.
Anticiper la baisse de revenus pendant un arrêt maladie
Un arrêt maladie peut réduire sensiblement la somme reçue, car la retenue sur salaire, le délai de carence et le plafond des indemnités journalières ne compensent pas toujours la rémunération habituelle. Le montant dépend surtout de la situation du salarié, de son ancienneté et des garanties applicables dans l’entreprise.
La convention collective et le contrat de prévoyance peuvent améliorer fortement le maintien de revenu par rapport au minimum légal.
Pour éviter les retards ou les erreurs, il reste essentiel de transmettre l’arrêt dans les délais, de contrôler les décomptes de l’Assurance maladie et de comparer ceux-ci avec le bulletin de paie. En cas d’écart, demander rapidement des précisions au service paie permet de vérifier le
calcul de l’indemnisation et d’obtenir une régularisation si nécessaire.
